กระบวนการที่ใช้ในการเปลี่ยนแปลงการพัฒนาบึงบอระเพ็ดตลอด 10 ปีที่ผ่านมา เป็นการใช้การวิจัยและบริการวิชาการเป็นบทบาทหลักในการทำงาน โดยแบ่งช่วงการทำงานออกเป็น 3 ระยะ ได้แก่ ระยะการเรียนรู้ ระยะการสร้างเครือข่าย และระยะการจัดการเครือข่าย ซึ่งมีรายละเอียด ดังนี้

1) ระยะที่ 1 : ระยะการเรียนรู้ (พ.ศ.2556-2557)

    ช่วงแรกเป็นศึกษาและการรวบรวมข้อมูลพื้นฐานของบึงบอระเพ็ด และรวบรวมงานชื่อเรื่องวิจัยที่เคยทำการศึกษาในบึงบอระเพ็ดจำนวน 222 เรื่อง ขึ้นระบบออนไลน์ของหน่วยงาน เพื่อบริการให้กับผู้ที่สนใจในการสืบค้นข้อมูลไปต่อยอดและใช้ประโยชน์ ต่อมาวิทยาเขตนครสวรรค์ได้มีส่วนร่วมในงานวิจัยด้านการใช้ประโยชน์พื้นที่ชุ่มน้ำบึงบอระเพ็ดอย่างยั่งยืนร่วมกับคณาจารย์คณะสิ่งแวดล้อมและทรัพยากรศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ทำให้ได้เรียนรู้ในการฝึกทักษะทางวิชาการและการลงพื้นที่จากผู้เชี่ยวชาญด้านพื้นที่ชุ่มน้ำ ส่งผลให้เข้าใจบริบทของบึงบอระเพ็ดในภาพรวมได้ ผลที่ได้ระยะที่ 1 ทำให้เวบไซด์ของวิทยาเขตนครสวรรค์เป็นแหล่งรวบรวมข้อมูลบึงบอระเพ็ดและฐานงานวิจัย ที่ทุกภาคส่วนสามารถเข้ามาศึกษาและค้นหาข้อมูลได้

2) ระยะที่ 2 : ระยะสร้างเครือข่าย (พ.ศ.2558-2562)

    วิทยาเขตนครสวรรค์ได้มีการลงพื้นที่อย่างต่อเนื่อง เพื่อพบปะเยี่ยมเยียนเครือข่ายที่รู้จักในระยะแรก ด้วยการสอบถามสภาพปัญหา การแลกเปลี่ยนเรียนรู้ และหาแนวทางการแก้ไขปัญหาร่วมกันกับชุมชนและภาครัฐในรูปแบบเป็นทางการและไม่เป็นทางการ รวมทั้งการจัดประชุมวิชาการชาวบ้านเพื่อพัฒนาบทบาทของกลุ่มผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย และสร้างความร่วมมือในการทำงานร่วมกัน ทำให้หน่วยงานในระดับจังหวัดเล็งเห็นความสำคัญของการแก้ไขปัญหาจึงพาเจ้าหน้าที่วิทยาเขตนครสวรรค์ไปพบกับรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เพื่ออธิบายสภาพปัญหาและแนวทางการแก้ไขปัญหา ต่อมาข้อสั่งการให้มหาวิทยาลัยมหิดลจัดทำแผนพัฒนาบึงบอระเพ็ดเสนอต่อสภาปฏิรูปแห่งชาติ ซึ่งการทำแผนมีการแลกเปลี่ยนเรียนรู้ร่วมกับผู้มีส่วนได้ส่วนเสียทุกภาคส่วนเพื่อเสนอแนวทางการแก้ไขปัญหาบนฐานของความจริง ทำให้สภาปฏิรูปแห่งชาติรับไปพิจารณาและนำเสนอให้รัฐบาลต่อไป ผลกระทบจาการงานส่งผลให้เกิดความร่วมมือและสนับสนุนการ จัดทำแผนพัฒนาบึงบอระเพ็ดของสำนักงานจังหวัดนครสวรรค์ และการจัดทำแผนพัฒนาและฟื้นฟูบึงบอระเพ็ดของสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ ในที่สุดรัฐบาลได้อนุมัติแผนปฏิบัติการเร่งด่วนระยะ 3 ปี จำนวน 9 โครงการ วงเงิน 1,513.5 ล้านบาท  ส่วนงานด้านการวิจัยได้มีการศึกษาในสิ่งที่เป็นช่องว่าง (Gap) ที่ต้องการหาคำตอบ ด้วยการร่วมมือกับหน่วยงานในพื้นที่ศึกษาความลึกของบึงบอระเพ็ดและการชะล้างพังทลายของดินในลุ่มน้ำ และนำงานวิจัยไปสู่การใช้ประโยชน์ของแต่ละหน่วยงานต่อไป ผลงานเชิงประจักษ์ที่เกิดขึ้นทำให้ทุกภาคส่วนพูดคุยกันมากขึ้นและเป็นเครือข่ายการทำงานร่วมกัน ผลที่ได้ระยะที่ 2 ทำให้มหาวิทยาลัยมหิดลเป็นที่ยอมรับของทุกภาคส่วน เนื่องจากได้มีการนำเสนอข้อมูลสู่การขับเคลื่อนเชิงนโยบาย จนได้โครงการแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้น รวมทั้งการวิจัยที่ใช้ประโยชน์ในการขับเคลื่อนงานของพื้นที่ได้อีกด้วย

3) ระยะที่ 3 : ระยะการจัดการเครือข่าย (พ.ศ.2563-2565)

    เครือข่ายบึงบอระเพ็ดมีการจัดการร่วมกันในการแบ่งปันข้อมูล การวิเคราะห์สถานการณ์ เพื่อนำไปสู่การแก้ไขปัญหา โดยวิทยาเขตนครสวรรค์เป็นผู้ประสานงานเครือข่ายที่สนับสนุนข้อมูลวิชาการ และข้อมูลเชิงประจักษ์ เช่น การใช้ภาพถ่ายดาวเทียมเพื่อประเมินสถานการณ์น้ำท่วม การรักษาระดับน้ำบนฐานข้อมูลวิชาการ เป็นต้น ส่วนการแลกเปลี่ยนเรียนรู้ที่สำคัญเป็นการจัดประชุมวิชาการบึงบอระเพ็ด (จัดโดยจังหวัดนครสวรรค์) โดยมีวิทยาเขตนครสวรรค์เป็นทีมเลขานุการ เพื่อเรียนรู้และทบทวนแผนพัฒนาบึงบอระเพ็ด มีแผนงานที่เหมาะสมกับสภาพปัจจุบันและสอดคล้องกับนโยบายรัฐบาล (BCG และ SDGs) ส่วนการวิจัยได้มีการร่วมกันกับภาครัฐและประชาชนเสนอโครงการวิจัยด้านการบริหารจัดการน้ำอย่างมีส่วนร่วม ซึ่งได้รับทุนอุดหนุนโครงการขับเคลื่อนนโยบายชี้นำสังคม ของมหาวิทยาลัยมหิดล เพื่อนำไปสู่การจัดตั้งกลุ่มผู้ใช้น้ำและสร้างกติกาการใช้น้ำร่วมกัน ในการนี้เครือข่ายจะอยู่ร่วมกันอย่างยั่งยืน เพราะบทบาทของมหาวิทยาลัยมหิดลที่เป็นปัญญาของแผ่นดิน และเป็นที่พึ่งให้กับคนในพื้นที่ ผลที่ได้ระยะที่ 3 ได้เกิดการรวบกลุ่มของคนในชุมชนจดทะเบียนองค์กรผู้ใช้น้ำจำนวน 5 ตำบล และมีระบบการบริหารจัดการน้ำอย่างมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วนอีกด้วย 

เขตห้ามล่าสัตว์ป่าบึงบอระเพ็ด, ส่วนบริหารจัดการน้ำที่ 3 นครสวรรค์ (กรมทรัพยากรน้ำ), โครงการชลประทานนครสวรรค์ (กรมชลประทาน), ประมงจังหวัดนครสวรรค์ (กรมประมง),สำนักงานจังหวัดนครสวรรค์,ธนารักษ์พื้นที่นครสวรรค์ ,องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นในพื้นที่, องค์กรผู้ใช้น้ำรอบบึงบอระเพ็ด, ประชาชนในบึงบอระเพ็ด